通勤手当は課税される？非課税との違いや限度額・給与計算のポイントを解説

通勤手当は、一定の要件と限度額の範囲内であれば非課税です。限度額を超えた部分だけが課税対象となり、その限度額は通勤手段によって異なります。

電車・バスと自動車・自転車では非課税限度額の決まり方が異なるため、まずは基本ルールを理解し、自社の給与計算が適切か確認しましょう。

参考：No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当（国税庁のサイトに遷移します）
参考：No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当（国税庁のサイトに遷移します）

通勤手当は、一定の非課税限度額まで所得税が課されません。所得税とは、給与などの所得に対してかかる税金です。

税法上、通勤手当は一定の要件と限度額の範囲内で非課税とされています。国税庁は、電車やバスなどの公共交通機関を利用する場合と、マイカーや自転車で通勤する場合とで、非課税となる範囲を分けて定めています。

ただし、どのような金額でも非課税になるわけではありません。通勤方法や支給額によって上限が異なるため、企業は従業員の通勤手段に応じて適切に判定する必要があります。

まずは「通勤手当は一定の要件・限度額の範囲内で非課税となる」という基本を押さえることが重要です。

通勤手当が非課税限度額を超えて支給された場合、課税されるのはその超過分だけです。国税庁が定める非課税限度額を超える部分は給与として扱われるため、所得税や住民税の計算対象となります。

例えば、片道45km以上55km未満のマイカー通勤者に月5万5,000円の通勤手当を支給する場合、非課税限度額は3万2,300円です。ここで注意したいのは、通勤手当の全額が課税されるわけではなく、あくまで「限度額を超えた部分のみ」が課税される点です。

給与計算では非課税額と課税額を正しく分けて処理し、給与明細でも区分して表示することで、税務上の誤りや従業員への説明不足を防げるでしょう。

税法では、通勤に必要な費用について、一定の要件と非課税限度額が定められています。そのため、一般的な通勤に必要と認められる範囲に限り、所得税をかけない仕組みが設けられています。

課税されるかどうかは手当の名称ではなく、実際の通勤方法や支給額によって決まるため、注意が必要です。

特にグリーン料金や、徒歩のみで通勤する従業員への定額の通勤手当は、原則として給与課税となるため、通常必要な範囲を超えていないか確認することが大切です。

通勤手当の非課税限度額は、通勤方法によって判定基準が異なります。

　
公共交通機関やマイカー通勤だけでなく、複数の交通手段を利用する場合やテレワーク時の取り扱いも理解し、自社の支給ルールを適切に運用しましょう。

電車やバスで通勤する場合、非課税となるのは「最も経済的かつ合理的な経路・方法」で計算した運賃であり、月15万円が上限です。

国税庁は、高額な経路を自由に選べるわけではなく、一般的に通勤に適した経路・方法であることを前提としています。そのため、運賃や通勤時間、乗り換え回数などを踏まえて経済的で合理的と判断できる経路が対象になります。

新幹線や特急を利用する場合も、通勤に必要な経路であれば運賃と特急料金を含められますが、グリーン料金など通常の通勤に必要と認められない費用は非課税の対象外です。また、非課税の上限である15万円を超えた部分は、給与として課税されます。

給与担当者は、通勤経路の申請内容や定期券代を確認し、国税庁の基準に沿って非課税額を判定することが重要です。

参考：No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当（国税庁のサイトに遷移します）

マイカーやバイクで通勤する場合、非課税限度額は片道の通勤距離に応じて決まり、ガソリン代の実費ではなく国税庁が定める距離区分ごとの金額が基準です。距離が長くなるほど非課税限度額も高くなる一方、片道2km未満は通勤手当の全額が課税されます。

また、2026年4月1日以後に支払われるべき通勤手当からは、片道65km以上の区分が見直され、95km以上では月6万6,400円まで非課税となりました。

転居や勤務地の変更で通勤距離が変わった場合は、支給額や課税区分の見直しが必要です。通勤届の更新や地図サービスなどで距離を確認し、最新の状況に基づいて給与計算を行いましょう。

参考：No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当（国税庁のサイトに遷移します）

徒歩で通勤する場合は、通常、通勤費が発生しないため通勤手当の非課税制度は適用されません。交通機関や交通用具を利用する場合の通勤手当に関する非課税規定の対象とならないため、会社から支給される手当は原則として給与として課税対象になります。

さらに、徒歩のみの通勤者へ定額の通勤手当を支給した場合は、原則として給与として課税されるため、注意しましょう。

一方、自転車通勤は、マイカーなどの交通用具による通勤と同様に、通勤距離に応じた非課税限度額が適用されます。片道2km未満では通勤手当の全額が課税対象です。

参考：No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当（国税庁のサイトに遷移します）

公共交通機関とマイカーなど、複数の交通手段を組み合わせて通勤する場合も、通勤手当は一定額まで非課税です。国税庁は、それぞれの通勤方法に応じた非課税額を合計して判定すると定めており、公共交通機関の区間は「最も経済的かつ合理的な経路・方法」で算定します。

例えば、片道8kmのマイカー区間に適用される非課税限度額が4,200円で、電車の合理的な通勤定期券代が1万2,000円の場合、両者を合算した1万6,200円が非課税限度額となります。ただし、併用時も全体の非課税上限は月15万円のため、合算額がこれを超える部分は給与として課税されるため、注意が必要です。

なお、駐車場を利用する併用通勤では、2026年4月1日以後に支払われるべき通勤手当から、一定の要件を満たす駐車場等の料金相当額を月5,000円を上限として非課税限度額に加算できます（詳細は「通勤手当はいつから課税？制度改正について」を参照）。給与計算では通勤経路を正確に把握したうえで、区間ごとに判定することが重要です。

参考：No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当（国税庁のサイトに遷移します）

テレワークを導入している場合でも、通勤手当が自動的に課税対象になるわけではありません。

通勤手当が一律に課税または非課税となるわけではなく、勤務形態や支給内容に応じて判断する必要があります。そのため、毎月一定額を支給する企業もあれば、出社日数に応じた実費精算に切り替える企業もあります。

実費精算とは、実際に支払った往復運賃を会社が支給する方法です。テレワークによって出社日数が減った場合は、勤務実態や支給方法を踏まえ、通勤手当が税法上の非課税要件を満たしているか確認する必要があります。出社日ごとに交通費を実費精算する場合も、最も経済的かつ合理的な経路・方法による運賃であるか確認しましょう。

実務上は、テレワークの導入や出社日数の変更に合わせて支給基準を見直し、就業規則や賃金規程と整合性を取ることが大切です。制度を変更する際は、従業員に事前に周知しましょう。

参考：テレワークの適切な導入及び実施の推進のためのガイドライン (PDF形式)(572KB)（厚生労働省のサイトに遷移します）

通勤手当が非課税となる金額には、通勤方法ごとに上限が定められていますが、一律に課税されるようになったわけではありません。2026年4月には、この非課税限度額に関する改正が行われました。

　
非課税限度額の考え方と改正のポイントを理解し、給与計算の誤りを防ぎましょう。

参考：通勤手当の非課税限度額の改正について（国税庁のサイトに遷移します）

「通勤手当が課税になった」という情報を見かけることがありますが、通勤手当が一律に課税対象へ変更された事実はありません。国税庁は、通勤手当について、一定の非課税限度額まで所得税を課さない制度を引き続き設けており、2026年4月の改正後も基本的な考え方は変わっていません。

非課税限度額を超えた部分のみが、これまでと同様に課税対象です。給与明細で課税額が示されていても、通勤手当の全額ではなく一部だけの場合があります。

「課税になった」と誤解される背景には、過去の非課税限度額の見直しや、SNS・インターネット上の不正確な情報が影響しているケースもあります。制度変更の有無を確認する際は、国税庁などの公的機関の一次情報を確認することが大切です。

通勤手当の制度は、これまでに非課税限度額の見直しが行われたことがありますが、通勤手当そのものを課税対象とする制度改正は実施されていません。

平成28年（2016年）には、公共交通機関などを利用する場合の非課税限度額が月10万円から月15万円へ引き上げられました。その後、2025年11月の改正では、マイカーや自転車などの交通用具を利用する場合の非課税限度額が引き上げられ、2025年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に遡って適用されました。

現在も非課税限度額が適用されるため、給与担当者は過去の情報ではなく最新のルールで給与計算を行うことが重要です。

参考：通勤手当の非課税限度額の引上げについて（平成28年4月）（国税庁のサイトに遷移します）
参考：通勤手当の非課税限度額の改正について（令和7年11月）（国税庁のサイトに遷移します）
参考：通勤手当の非課税限度額の改正について（令和8年4月）（国税庁のサイトに遷移します）

給与計算では、通勤手当の全額を自動的に非課税にしてはいけません。通勤方法や片道距離から非課税限度額を確認し、限度額までの金額と超えた金額を分けたうえで、所得税・住民税・社会保険料それぞれのルールに沿って処理します。

課税・非課税の区分を正しく理解し、給与明細や年末調整へ適切に反映することが、税務上のミスを防ぐポイントです。

通勤手当が非課税限度額を超えた場合は、超過した金額のみを給与として課税対象にします。非課税となる部分まで課税する必要はありません。

例えば、片道45km以上55km未満のマイカー通勤者に月5万5,000円を支給する場合、非課税限度額は3万2,300円です。差額の2万2,700円を基本給などの課税支給額に加え、所得税を計算します。

給与計算では、非課税額と課税額を区分して処理することが重要です。給与システムを利用している場合でも、通勤経路や支給額の変更が反映されているか定期的に確認し、課税区分に誤りがないよう管理しましょう。

通勤手当は、所得税・住民税・社会保険料で取り扱いが異なるため、それぞれのルールを理解することが重要です。所得税は非課税限度額までかからず、超えた部分だけが課税されます。

また、住民税についても、非課税限度額を超える部分は給与収入に含まれ、原則として翌年度の住民税額に反映されます。

一方、社会保険料は税法とは別の制度です。健康保険料や厚生年金保険料では、原則として、所得税の非課税部分を含む通勤手当を報酬に含め、標準報酬月額を算定します。

「所得税では非課税だから社会保険料も対象外」と考えてしまうと、給与計算を誤るおそれがあります。それぞれの制度は根拠となる法律が異なるため、区別して処理することが大切です。

年末調整では、課税対象となる通勤手当が年間の給与所得に正しく反映されているか確認しましょう。非課税限度額までの通勤手当は所得税の対象外ですが、超過分は給与として年末調整の対象です。

通勤手当の課税区分に誤りが見つかった場合は、該当する給与や源泉徴収額を確認し、必要に応じて訂正や再計算を行います。また、所得税を過大に徴収していた場合は、状況に応じて年末調整などで精算が必要になることがあります。

年末調整の時点で課税区分の誤りが見つかると再計算や修正が必要です。月次の給与計算段階から通勤手当の処理を正確に行い、年末調整前に課税対象額を確認しておくとスムーズでしょう。

通勤手当の計算ミスは、非課税限度額だけでなく、住所変更やテレワーク後の通勤実態を確認していない場合にも起こります。

所得税と住民税では限度額を超えた部分が課税される一方、社会保険料では通勤手当の全額が計算対象です。まずは、制度ごとの違いを分けて確認しましょう。

通勤手当でよくあるミスの一つが、非課税限度額を超えて支給したにもかかわらず、全額を非課税として処理してしまうことです。国税庁は、通勤手当を一定額まで非課税とする一方、限度額を超えた部分は給与として課税するよう定めています。

支給額のすべてを非課税にすると所得税の計算を誤り、年末調整や過去の給与計算を修正する必要が生じるため注意しましょう。特に、通勤経路の変更や定期券代の値上がりで支給額が変わった場合は見直しが必要です。

実務上は、支給額と非課税限度額を定期的に照合し、超過額が発生していないか確認することで、給与計算ミスを防ぎやすくなります。

マイカーやバイクで通勤する従業員の通勤距離を更新していないことも、給与計算ミスの原因になります。

交通用具を利用する場合の非課税限度額は、片道の通勤距離によって決まります。転居や勤務地の変更で距離が変わったにもかかわらず以前の距離のまま支給を続けると、非課税額を過大に計算したり、反対に課税対象額を多く計上したりするおそれがあるでしょう。

実務上は、転居や異動があった際に通勤届を提出してもらい、以下の項目が給与システムの登録内容と一致しているか確認したうえで、支給額を見直すことが重要です。

• 住所
• 交通手段
• 片道距離
• 支給額

定期的に通勤情報を更新する仕組みを整えることで、制度に沿った運用を行いやすくなります。

テレワーク導入後に出社頻度が変わった場合は、通勤手当の支給方法や課税区分が勤務実態に合っているか確認する必要があります。通勤手当の支給方法に法令上一律の基準はなく、就業規則や賃金規程など会社の規程によるものです。

そのため、出社日数が大きく減ったにもかかわらず制度を見直さないまま運用すると、実際の勤務実態と支給方法が合わなくなるおそれがあります。出社頻度が大きく変わった場合は、従来の定期券による支給が、引き続き最も経済的かつ合理的な通勤方法といえるか確認することが重要です。

実務上は、テレワークの導入や勤務形態の変更にあわせて、通勤手当を定額支給とするのか実費精算へ変更するのかを検討し、規程の見直しと従業員への周知を行いましょう。

参考：テレワークの適切な導入及び実施の推進のためのガイドライン (PDF形式)(572KB)（厚生労働省のサイトに遷移します）

所得税・住民税・社会保険料は制度が異なるため、通勤手当の取り扱いも同じではなく、これを混同することは給与計算でよくあるミスの一つです。

「所得税が非課税だから社会保険料も対象外」と判断してしまうと、本来は報酬に含めるべき通勤手当が標準報酬月額の算定から漏れ、社会保険料の計算に影響するおそれがあります。

この誤りが後から発覚すると、社会保険料の訂正手続きなどが必要になる可能性があります。実務上は、税金と社会保険料は別制度であることを理解し、それぞれのルールに沿って処理することが重要です。

特に新任担当者には、制度ごとの違いをチェックリストや一覧表で共有しておくとミスを防ぎやすくなります。

通勤手当は、支給額や課税・非課税の判定、法改正への対応など管理項目が多く、手作業ではミスが発生しやすい業務です。

支給ルールの統一やシステム活用により、業務負担を軽減しながら正確な運用を実現できるでしょう

通勤手当を適切に管理するためには、支給ルールを社内で統一することが重要です。通勤手当の支給方法は、法令で細かく定められているものだけでなく、会社が就業規則や賃金規程で決める事項もあります。そのため、部署ごとに運用が異なると、支給額や課税・非課税の判定にばらつきが生じ、給与計算ミスにつながりかねません。

実務上は、公共交通機関なら経済的で合理的な経路、マイカーなどなら片道距離を基準にし、駐車場代を支給する場合は対象範囲や領収書の提出条件も規程に明記します。転居や通勤方法の変更時には通勤経路申請書を再提出させ、承認後に給与データを更新する流れまで統一すると、過払いや課税区分の誤りを防げるでしょう。

ルールを明確にしておけば、担当者が変わっても安定した管理を行いやすくなります。

通勤手当を効率的に管理するには、人事・勤怠・給与に分散しているデータを一元的に管理することも有効です。住所や通勤方法、片道距離などの人事情報と、出社日数などの勤怠情報、実際の支給額や課税区分などの給与情報を連携できれば、転居や勤務形態の変更に伴う更新漏れを防ぎやすくなります。

また、同じ情報を複数のシステムへ入力する作業を減らすことで、担当者の負担軽減や入力ミスの防止にもつながるでしょう。

さらに、人事・給与・就業情報を一元管理できるGeneralistを活用すれば、情報連携が進み、業務効率化にもつながります。

人財管理ソリューションGeneralistへのお問い合わせはこちら

人事・給与システムを活用すると、通勤手当の課税・非課税判定を効率化できます。通勤手当は通勤方法や支給額によって課税区分が異なり、手作業では判定ミスが起こりやすい業務です。

そこで、システムには通勤方法・片道距離・支給額から非課税額と課税対象額を分ける設定が必要です。具体的には、公共交通機関は最も経済的かつ合理的な経路・方法による運賃等を月15万円まで、マイカーや自転車は距離区分ごとの限度額を登録します。さらに、2026年4月1日以後は、片道65km以上について新設された距離区分や、一定の要件を満たす駐車場等の料金相当額を月5,000円を上限として加算する制度にも対応させます。

こうした自動化は、毎月の給与計算だけでなく、人事異動や通勤経路変更時の修正漏れ防止にもつながるでしょう。ただし、正しい判定を行うためには、登録情報を最新の状態に保つことが重要です。

通勤手当を適切に管理するためには、法改正や制度変更に対応しやすい運用体制を整えることも重要です。税制や社会保険制度は改正によって取り扱いが変わることがあり、対応が遅れると給与計算の誤りや従業員への影響につながる可能性があります。

実務上は、国税庁や厚生労働省などの公的機関が公表する最新情報を定期的に確認する担当者を決め、対象となる従業員の抽出や賃金規程・システムの更新まで手順化しておくと、制度変更にもスムーズに対応しやすいでしょう。

申請書や領収書、設定変更日、従業員への周知内容を記録に残しておけば、後から課税判断の根拠を説明しやすくなります。

担当者任せにせず、Generalistのような人事・給与システムも活用しながら、継続的に情報収集を行い、運用を見直せる体制づくりが大切です。